Fördelarna med skiljeförfarande är att man får ett relativt snabbt avgörande och att man kan besluta att domen ska vara hemlig. Vid komplicerade frågor kan det också vara en fördel att kunna välja skiljemän med specialkunskaper.
Nackdelen med skiljeförfarande är att det är dyrbart. Förutom eget ombud ska parterna nämligen stå för arvodena till nämndens ledamöter, oftast tre personer.
Det är inte ovanligt att skiljemännen begär betydande förskott av kommande arvoden av parterna. Det kan medföra att en mindre företagare eller en arbetstagare måste avstå från skiljeförfarandet eftersom han inte har möjlighet att ställa de pengar som krävs till förfogande. Även en mindre tvist kan medföra kostnader på upp emot flera hundratusentals kronor.
Om någon skiljeklausul inte finns med i avtalet prövas tvisten i allmän domstol. Där avlönar staten domarna, vilket innebär att man vid förlust som mest behöver betala sina egna och motpartens rättegångskostnader.